ОГЛАВЛЕНИЕ 2

СПИСОК ОБОЗНАЧЕНИЙ КО ВСЕЙ ВЫПУСКНОЙ РАБОТЕ 3

РЕФЕРАТ НА ТЕМУ «ИСПОЛЬЗОВАНИЕ НФОРМАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ» 4

Введение 4

Глава 1 Анализ последовательностей ДНК 4

1.1 WEB-приложения, используемые для анализа последовательностей ДНК 6

1.2 Приложения в составе Vector NTI Suite 7

1.3 Компьютерная программа SQ для редактирования и анализа биологических последовательностей 10

Глава 2 Моделирование макромолекул и процессов протекающих на молекулярном уровне 12

2.1 Программа RasWin для просмотра 3D молекул 12

2.2 Программа Modeller для моделирования макромолекул. 13

2.3 Использование программы AutoDock для моделирования молекулярных процессов 14

Заключение 16

Список литературы к реферату 16

ПРЕДМЕТНЫЙ УКАЗАТЕЛЬ К РЕФЕРАТУ 19

ИНТЕРНЕТ РЕСУРСЫ В ПРЕДМЕТНОЙ ОБЛАСТИ ИССЛЕДОВАНИЯ 20

ДЕЙСТВУЮЩИЙ ЛИЧНЫЙ САЙТ В WWW 23

ГРАФ НАУЧНЫХ ИНТЕРЕСОВ 24

ТЕСТОВЫЕ ВОПРОСЫ ПО ОСНОВАМ ИНФОРМАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ 25

ПРЕЗЕНТАЦИЯ МАГИСТЕРСКОЙ ДИССЕРТАЦИИ 26

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ К ВЫПУСКНОЙ РАБОТЕ 28

Современная молекулярная биология и молекулярная генетика определяют развитие как фундаментальной, так и прикладной биологии. Огромное разнообразие подходов к решению задач исследований требует все более точных и быстрых методов анализа. Эффективность исследований зависит от нескольких параметров, основополагающими из которых, являются техническое оснащение лаборатории и освоение новых методических подходов.

На каждом этапе работы молекулярный биолог сталкивается с применением информационных технологий. Молекулярная биология изучает такие молекулы как ДНК, РНК и белки. Такие объекты изучения нельзя потрогать руками, нельзя увидеть невооруженным глазом. Поэтому практически все методы, которые используются в молекулярной биологии, связаны с использованием информационных технологий (ИТ).

Любой молекулярно-биологический эксперимент можно разделить на три стадии: планирование эксперимента, его проведение и анализ полученных результатов. На той или иной стадии молекулярный биолог сталкивается с использованием ИТ-инструментов, будь то пакет Microsoft Office и глобальная сеть «Интернет» или же программное обеспечение для приборов, используемых в молекулярно-биологической лаборатории (амплификаторы в режиме реального времени, секвенаторы, системы гель-документации, спектрофотометры и др.). Также стоит отметить применение различных графических редакторов и программ для моделирования не только макромолекул, но и целых процессов протекающих на молекулярном уровне.

1. Николайчик Е. А., Валентович Л. Н.. SQ –компьютерная программа для редактирования и анализа биологических последовательностей // Труды Белорусск. гос. ун-та. Сер.: Физиологические, биохимические и молекулярные основы функционирования биосистем. 010. –Т.5. –Ч.1. –с.57-67.

2. Rice, P., Longden, I., & Bleasby, A. EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite // Trends in Genetics: TIG – 2000. – Vol. 16. – P. 276-277.

3. Sequence Manipulation Suite [Electronic resource] / University of Alberta. – Canada, 2004. – Mode of access: http://sherb.lin.irk.ru/sms2/index.html. – Date of access: 10.12.2010.

4. Хмелько, И. Приложения в составе Vector NTI Suite / Практическая молекулярная биология [Электронный ресурс].– 2007. – Режим доступа: http://molbiol.ru/protocol/09_09a.html. – Дата доступа: 10.12.2010.

5. Хмелько, И. Конструирование молекул / Практическая молекулярная биология [Электронный ресурс].– 2007. – Режим доступа: http://molbiol.edu.ru/review/03_02c.html. – Дата доступа: 15.12.2010.

6. Genetic Sequence Data Bank NCBI-GenBank Flat File Release 180.0 [Electronic resource] / National Center for Biotechnology Information – USA, 2010. – Mode of access: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt.– Date of access: 12.12.2010.

7. Elzanowski, A., Ostell, J. The Genetic Codes // National Center for Biotechnology Information [Electronic resource] – 2010. – Mode of access: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c. – Date of access: 12.12.2010.

8. Roberts, R. J., Vincze, T., Posfai, J., & Macelis, D. REBASE-a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes // Nucleic Acids Research – 2010. – Vol. 38. – P. D234-236.

9. SQ: редактор биологических последовательностей для молекулярных биологов // Биологический факультет Белорусск. гос. ун-та [Электронный ресурс].– 2003. – Режим доступа: http://www.bio.bsu.by/sq/about.html. – Дата доступа: 10.12.2010.

10. A Resource for Studying Biological Macromolecules // Protein Data Bank [Electronic resource] – 2008. – Mode of access: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do. – Date of access: 19.12.2010.

11. Программа Modeller - что это и для чего? // Биоинформатика и познания [Электронный ресурс].– 2009. – Режим доступа: http://www.bioinformatix.ru/modeller/programma-modeller-chto-eto-i-dlya-chego.html. – Дата доступа: 19.12.2010.

12. Mollder [Electronic resource] / Departments of Biopharmaceutical Sciences and Pharmaceutical Chemistry, California Institute for Quantitative Biomedical Research, 2010. – Mode of access: http://salilab.org/modeller/download_installation.html. – Date of access: 19.12.2010.

13. Энгелевский Н. Докинг: определение, виды, методы, проблемы и решения. Программы для докинга / Биоинформатика и познания [Электронный ресурс].– 2009. – Режим доступа: http://www.bioinformatix.ru/drugie-programmyi/doking-opredelenie-vidyi-metodyi-problemyi-i-resheniya.-programmyi-dlya-dokinga.html. – Дата доступа: 19.12.2010.

14. Мартынюк А. Молекулярный докинг: понятие, применение, программы для докинга / Биоинформатика и познания [Электронный ресурс].– 2009. – Режим доступа: http://www.bioinformatix.ru/drugie-programmyi/molekulyarnyiy-doking-ponyatie-sut-programmyi-dlya-dokinga.html. – Дата доступа: 19.12.2010.

Примечаний нет.